Sejalan dengan visi & misi Universitas Kristen Satya Wacana, Fakultas Biologi mengemban visi & misi sebagai berikut:
Visi: Menjadi pusat unggulan berorientasi internasional dalam menghasilkan tridarma bidang biosains dan bioedukasi untuk transformasi pembangunan berkelanjutan.
Misi:
- Melaksanakan pendidikan tingkat sarjana dan pascasarjana yang kristiani, berkualitas dan inovatif
- Melengkapi mahasiswa dengan pengalaman wirausaha
- Melaksanakan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang mendukung proses transformasi pembangunan berkelanjutan
- Menjalin kerjasama di bidang bioindustri dan lingkungan, serta model dan media pembelajaran biologi